En el año de 1954 en una casa del barrio Manrique Oriental se inician clases con 70 alumnos. En noviembre 28 de 1959 por Ordenanza No. 21 se le dio carácter oficial como escuela Manuela Beltrán, En 1996 ante la demanda educativa existente para secundaria y apoyados por la Secretaria de Educación Municipal se crean los sextos y la escuela toma el nombre de Colegio Manuela Beltrán. En septiembre de 1996 la Secretaría de Educación Departamento, lanza la campaña “Quiero mi Colegio”, con el fin de motivar las Instituciones educativas en el embellecimiento de las plantas físicas y dinamización de procesos educativos, la Institución participó obteniendo el primer puesto por Medellín. En el segundo semestre de 1998, el centro de adultos pasa a ser tercera jornada del colegio. Por Resolución 11002 del 29 de Diciembre de 2000, se autoriza y legaliza los estudios en el colegio Manuela Beltrán desde el preescolar hasta la educación media. En el año 2000 se gradúa la primera promoción de bachilleres de la educación de adultos.El primero de diciembre de 2001 se celebra la ceremonia de graduación de la primera promoción de bachilleres, jornada diurna.
Por Resolución departamental No 16188 del 27 de Noviembre del 2002, el colegio toma el nombre de Institución Educativa Manuela Beltrán y se asocia como sección la escuela San José. Se ratifica como Rectora de la Institución a la Sra. Fabiola Camacho Rúa.
En la actualidad como Institución Educativa contamos con el servicio de preescolar a undécimo. En la educación de adultos se sirve la básica y media, en la modalidad de Clei.
En el año 2003 la escuela urbana de niñas residencia San José se fusiona al Colegio Manuela Beltrán, según Resolución No.16188 del 27 de Noviembre del 2002 de la Secretaria de Educación Departamental, tomando el nombre de Institución Educativa Manuela Beltrán Sección escuela San José.
En Septiembre 15 de 2005 renuncia la rectora Fabiola Camacho Rúa, y queda a cargo la licenciada Gloria Patricia Correa Madrigal; en enero de 2006 asume como rector el Licenciado Gildardo Antonio Gómez Alzate, en enero de 2008 asume la rectoría María Eugenia Arroyabe, en marzo de este mismo año la reemplaza temporalmente la coordinadora Flor de Asalia Villa y finalmente en abril 28 de 2008 asume la rectoría la licenciada Beatriz Elena Escobar Pérez; quien con la ayuda del personal educativo transformó la Institución Educativa en un lugar de encuentro por excelencia, utilizando las herramientas adecuadas para el fortalecimiento del talento humano, el liderazgo desde la construcción colectiva de estrategias con disciplina, construyendo un proyecto de vida trasversal que permite el logro de cambios significativos en la vida de los estudiantes.
La Institución cuenta con el siguiente personal: 49 docentes, 3 coordinadores y un promedio de 1.600 estudiantes, 2 Auxiliares administrativas, 1 Bibliotecaria, 1 Psicologa, 1 Docente de aula de apoyo, 9 celadores y 3 Apoyo logistico.
La institución cuenta con 2 Grupos de Aceleración del aprendizaje y uno de Procesos Basicos.
Con la salida de la anterior rectora, llega a la institucion el 29 de Abril del año 2016 asumir la rectoria de esta el Magister César Augusto Corrales Agudelo.